La obra refiere en tres actos correspondientes a la vida disoluta, la penitente y la muerte piadosa del fraile protagonista. Su asunto es la conversión del rufián sevillano Cristóbal de Lugo, criado del inquisidor Tello de Sandoval. Tras describir su vida de hampón, fullero y rufián en compañía de su criado, el gracioso Lagartija, empieza a experimentar dudas de conciencia que lo llevan a avisar del rapto de su mujer a su marido. En el segundo acto, tras el diálogo entre Comedia y Necesidad, encontramos al Inquisidor y a Lugo en México, donde por desesperación al contemplar a una pecadora, doña Ana de Treviño, que desdeña confesarse a la hora de la muerte tentada por diversos diablos, logra convertirla e inicia una vida piadosa de penitencia y arrepentimiento convirtiéndose en fray Cristóbal de la Cruz y su criado Lagartija en fray Antonio. Al final el protagonista sufre la lepra como símbolo del pecado y del castigo. Se le hacen numerosos honores por su extraordinaria caridad y humildad demostradas pero él se niega a aceptarlos, pues no deja de proclamar la bajeza de su linaje. Muere como santo, aplaudido de los cristianos y lamentado por los demonios, entre ellos el mismo Lucifer. El segundo acto o jornada que comienza con un diálogo entre Comedia y Necesidad sobre las innovaciones de esta obra contradice las opiniones vertidas en el Quijote (I, 48) acerca de la comedia lopista; Cervantes se justifica por seguir un género particular -la comedia de santos- y porque la novedad, eje de su teatro, obliga a modificar los planteamientos. Con esta advertencia -no palinodia- aclaraba que lo experimental de su teatro no se deterioraba por aproximarse al gran público